滅菌柜采用的滅菌方法有很多，本設備采用的是濕熱滅菌。濕熱滅菌柜設備采用飽和蒸汽滅菌，滅菌工藝分為準備、升溫升壓、保溫保壓滅菌、排汽冷卻等幾個步驟，滅菌工藝溫度用溫度計表示。 結構簡單，具有雙層套，可以防止罐壁凝結成水，可以預熱和干燥加熱，有利于連續滅菌，縮短預熱時間。 用加熱蒸汽輕于空氣自上而下排出非凝縮性空氣，以免意外前后設置滅菌車出入口。 但熱分布熱滲透效果差，冷爆率高。
在升溫準備階段，滅菌柜的套管先引入蒸汽，使套管升溫到121，同時加熱套管內部的空氣。 通過套管升溫作用的內室升溫為蒸汽時，蒸汽接觸的內壁和內部空氣冷凝而不形成水。 (不升溫，熱蒸汽、冷內壁和空氣接觸產生冷凝水，存在內腔溫度不均勻、滅菌物干燥度不充分等問題)。
在升溫階段，可以用真空泵利用水流排出滅菌箱內的冷空氣，在達到負壓狀態的同時，排出滅菌物內部的空氣。 然后投入飽和熱蒸汽，迅速滲透到物體內部，可以得到飽和蒸汽置換空氣的效果。 重復這三次或四次，空氣置換會比較*，溫度會上升到121。
滅菌階段，滅菌階段連續投加少量飽和蒸汽，排除部分蒸汽，內室溫度保持在121，內室壓力約110KPa左右。 在高溫和高壓的作用下，使微生物蛋白變性凝固失活達到滅菌要求。
在干燥階段，先抽真空釋放內部蒸汽，再補充過濾后的熱壓縮空氣。 (滅菌柜有換熱器和除菌過濾器，壓縮空氣進入內腔先經除菌過濾器過濾，再經換熱器加熱進入設備內腔。 如果不加熱，冷壓縮空氣進入內腔使蒸汽凝結成水，如果不過濾，就會引入細菌，滅菌失敗)重復幾次，達到干燥效果。
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